14 сентября Наполеон занял Москву без боя, а уже ночью того же дня город был охвачен пожаром, который к ночи 15 сентября усилился настолько, что Наполеон был вынужден покинуть Кремль. Пожар бушевал до 18 сентября и уничтожил большую часть Москвы. До 400 горожан из низших сословий были расстреляны военно-полевым судом по подозрению в поджогах.

Вопрос о пожаре разрешен ещё Богдановичем в 50-х гг. XIX века. По приказанию Растопчина полиция сожгла город. Кутузов, отступая из Москвы на юг на Рязанскую дорогу, совершил знаменитый Тарутинский манёвр. Сбив со следа преследующих кавалеристов Мюрата, Кутузов свернул на запад с Рязанской дороги через Подольск на старую Калужскую дорогу, куда вышел 20 сентября в районе Красной Пахры (рядом с совр. городом Троицк).

Затем, убедившись в невыгодности своей позиции, Кутузов к 2 октября перебросил армию на юг к селу Тарутино, что лежит по старой Калужской дороге в Калужской области недалеко от границы с Московской. Этим манёвром Кутузов перекрыл основные дороги Наполеону в южные губернии, а также создал постоянную угрозу тыловым коммуникациям французов.
Москву Наполеон назвал не военной, но политической позицией. Отсюда он делает неоднократные попытки примириться с Александром I. В Москве Наполеон оказался в западне: зимовать в разорённой пожаром столице не представлялось возможным, фуражировки за пределами города плохо удавались, растянутые на тысячи километров коммуникации французов были очень уязвимы, армия после перенесённых лишений начинала разлагаться. 5 октября Наполеон отправил генерала Лористонак Кутузову для пропуска к Александру I с наказом: «Мне нужен мир, он мне нужен абсолютно во что бы то ни стало, спасите только честь» . Кутузов после короткой беседы отправил Лористона назад в Москву. Наполеон стал готовиться к отступлению пока не из России, но на зимние квартиры где-то между Днепром и Двиной.